Sobiva magnetseparaatori valimine nõuab mitme teguri, sealhulgas materjali omaduste, töötlemisvõimsuse, eraldamise täpsuse ja töökeskkonna arvessevõtmist. Näiteks peeneteraliste-magnetmaterjalide jaoks tuleks valida suure magnetvälja tugevusega ja suure gradiendiga magnetseparaator; suurte töötlemismahtudega rakenduste jaoks tuleks valida kompaktne struktuur ja suur töötlemisvõimsus.
Sama oluline on ka magnetseparaatori hooldus. Separaatoris oleva prahi ja tolmu regulaarne puhastamine, magnetvälja tugevuse ja ühtluse kontrollimine ning kulunud osade kiire asendamine on magnetseparaatori pikaajalise ja stabiilse töö tagamise võtmeks.
